MtGEA & MtTI:
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External Links:- Mt Gene Expression Atlas Data at ArrayExpress
- Mt Gene Expression Atlas Data at PLEXdb
- Mt probeset-gene mapping
- MedicCyc, Mt biological pathways
- KEGG annotation of Affymetrix Medicago chip
- Center for Medicago Genomics Research of the Noble Foundation
- The Medicago truncatula Handbook
- Medicago.org
- Download flash player (required for visualizing gene expression profiles)
Transcript Details
| Mtr.27838.1.S1_at |  |
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| Expression profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
(Cannot see the expression profile chart below? Get flash player.) Customize slides (experiments)
 View co-expressed transcripts |
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Consensus, target, and probe sequences: (
 How to interprete
) |
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>Mtr.27838.1.S1_at ACATGGGTCCAATCCATTGTTATTCTCTTGGACAATCACCAACTCTTCCTTGGGGCCCAGAAAACAGCCACATGGGATGACTCTGTGGATCGCCTCGCCA TCTCTTTTGACGGAGAACCCATCACCCTCCACGAATCTGAAGGTGCGAAATGGGAATCATCCGGCGTGTCCTTTGGTAGGGAAACTTCAACAAACAACAT TATTGCTGAAGTTGAAGGAAATTGTAAGATAACTGCTAAGGGTGTCCCAATAACCGAAGAACACTCGAGGGTTCATAATTATGGTATCACCAAAGATGAT TGTTGTGCTCATCTTGATTTAGCGGTTCAAATTCTCGTCTTTGAGCAATGAAGTAAG Chip and genome coordinates:
|
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| Initial annotation during chip design | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| "BF004325 /FEA=mRNA /DEF=weakly similar to UP|Q9LT74 (Q9LT74) Similarity to late embryogenesis abundant protein, partial (9%)" Representative public ID: BF004325 |
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| Gene mapping & annotations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Probe-based mapping to MTGI v8 and IMGAG v2 genes (
Strategy
) BF004325 (weakly similar to UP|Q9LT74 (Q9LT74) Similarity to late embryogenesis abundant protein, partial (9%)) |
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| Legume specific gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Based on BLAST searches, this transcript is not legume specific. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GO annotations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No information available (unannotated without homolog) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG annotations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG annotations are based on the GeneBins database 
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| Biological pathways | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Based on the MedicCyc database , this transcript is not involved in a known biological pathway for the time being. |
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| Transcription factor prediction and categorization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No information available (not predicted as a transcription factor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
© Noble Research Institute, LLC